西藏阜康医院综合院区位于拉萨市林廓北路14号，处于布达拉宫、宗角禄康公园东面，林廓北路与娘热南路十字路口，于2005年4月28日正式营业，房屋建筑面积约12300㎡，其中医疗用房建筑面积约10000㎡，综合院区（院区一）开设了急诊科、牙科、呼吸内科、消化内科、心血管内科、骨科、普外科、妇科、中医科、眼科、耳鼻咽喉科、皮肤科、碎石科等门诊科室，院区一还设有呼吸内科、消化内科住院病房，以及影像科、检验科、超声科、心电科等医技科室，合计床位107张（牙椅4张）。2008年西藏阜康医院开设了临床司法鉴定中心，中心坚持遵循科学、客观、独立、公正的原则，严格依据事实和法律，为社会提供高质量、可信赖的鉴定服务。
2019年4月根据西藏自治区卫健委设置三级综合医院的批复(拉卫医发〔2019〕5号)，与阜康妇产儿童分院、阜康心脑血管分院、阜康健康体检中心合并组成新的西藏阜康医院，成为院区一（综合院区）。同年6月2日经拉萨市卫健委审核通过，西藏阜康医院正式成为国家三级综合医院。
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