前身为西藏阜康医院心脑血管分院，位于娘热南路20号，距离综合院区200米，房屋建筑面积约9400㎡，其中医疗用房建筑面积约8300㎡，于2015年8月正式投入使用。设有骨科、普外科、心血管内科住院病房，同时设置了麻醉科、手术室、ICU病房为手术患者服务，合计床位114张。院区二还设置了中医康复科开展针灸理疗服务。住院区一楼设置了影像科，我院最新引进的西门子3.0T核磁共振设备就安装该院区，目前已通过验收开始为患者服务。
2019年4月根据西藏自治区卫健委设置三级综合医院的批复(拉卫医发〔2019〕5号)，与西藏阜康医院、阜康妇产儿童分院、阜康健康体检中心合并组成新的西藏阜康医院，成为院区二（住院区）。同年6月2日经拉萨市卫健委审核通过，西藏阜康医院正式成为国家三级综合医院。
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