麻醉科是医院的重要临床业务科室之一，西藏阜康医院麻醉科承担全院各手术科室各种手术的临床麻醉、重症监测、急救复苏、血气分析以及开展疼痛诊疗等工作。
现有麻醉副主任医师1名，主治医师2名，执业医师2名，执业助理医师2名，科室位于西藏阜康医院住院区6楼，布局合理，设施齐全，拥有5个手术室，1个苏醒室。配有进口多功能麻醉机、呼吸机、除颤仪等新型先进设备。
现开展业务有：全麻(静脉全麻、吸入全麻、静吸复合),椎管内麻醉(硬膜外、腰麻、腰硬联合麻醉、骶麻)，神经阻滞麻醉(颈丛、臂丛、坐骨神经)，局麻，表麻，基础麻醉，控制降压、有创监测，深静脉穿刺、血气分析等。
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